Haški tribunal je utvrdio da je postojao udruženi zločinački poduhvat u kojem su učestvovala šestorica optuženih vođa takozvane Herceg-Bosne. Cilj udruženih u zločinačkom poduhvatu je bio da uspostave entitet sa hrvatskom većinom, odnosno hrvatski entitet na dijelu teritorije Bosne i Hercegovine, a potom da ga pripoje Republici Hrvatskoj ili osnuju nezavisnu državu koja bi bila u bliskom odnosu sa Hrvatskom, a sve s ciljem ujedinjenja hrvatskog naroda. Vijeće nije prihvatilo da su zločini počinjeni u oktobru 1992. godine u Prozoru dio zločinačkog poduhvata. U kreiranju plana zločinačkog poduhvata učestvovali su Franjo Tuđman, Gojko Šušak, Janko Bobetko, Jadranko Prlić, Mate Boban, Slobodan Praljak, Bruno Stojić, Milivoj Petković i Berislav Pušić.
Sudijsko Vijeće na čelu sa Francuzom Jeanom Claudom Antonettijem je utvrdilo i to da je Republika Hrvatska učestvovala u međunarodnom oružanom sukobu na području Bosne i Hercegovine. Utvrđeno je da je Hrvatska imala kontrolu nad oružjem te da su snage Vojske Hrvatske i Hrvatskog vijeća obrane zajedno napale Armiju RBiH.
Sudija Antonetti je naglasio kako zločini koji su počinjeni nisu bili djela “šačice ljudi”, već djelo udruženog zločinačkog poduhvata.
Utvrđeno je i to da su u ostvarivanju svoga cilja članovi udruženog zločinačkog poduhvata znali za zločine nad civilnim stanovništvom, kao što su silovanja, maltretiranja u logorima i ubistva. Kada je u pitanju rušenje Starog mosta u Mostaru, Vijeće je, uz suprotno mišljenje Antonettija, utvrdilo da je to bio legitiman vojni cilj.
Vijeće je zaključilo da su u svim zarobljeničkim centrima na području Hercegovine zarobljenici bili pothranjeni, higijenski uvjeti su bili očajni, medicinske njege nije bilo… Posebno teški uvjeti su bili u samicama u logorima Heliodrom i Dretelj. Pripadnici HVO-a su ih redovno tukli i izlagali ogromnim patnjama. Zarobljenici su morali pojesti obrok u svega nekoliko sekundi u logoru Heliodrom. Jedan od zarobljenika je natjeran da poliže svoju krv, “kako balijska krv ne bi ostala na hrvatskoj zemlji”, pročitao je Antonetti zaključak Vijeća.
Antonetti je naveo kako se u logoru Heliodrom nije pravila razlika između zarobljenih vojnika Armije RBiH i civila.
Optužnica protiv političkog i vojnog vrha takozvane Herceg-Bosne podignuta je u martu 2004. godine, a svi oni su se predali dobrovoljno mjesec dana kasnije i izjasnili se da nisu krivi ni po jednoj tački optužnice.
Napad HVO-a i vojnih snaga “Herceg-Bosne” na Armiju RBiH počeo je u Prozoru 1992., a potom je nastavljen napadima na Gornji Vakuf i Mostar. Sukob je proširen i na cijeli prostor srednje Bosne. U tom periodu Bošnjaci su ubijani i mučeni u blizu 60 logora, među kojima su Heliodrom, Gabela, Vojno, Dretelj… Snage HVO-a su 9. novembra 1993. godine srušile i Stari most u Mostaru, kulturnu baštinu na listi UNESCO-a.
Tužilaštvo je tražilo da Prlić, Stojić, Praljak i Petković budu osuđeni na kaznu od 40 godina zatvora, a Ćorić na 35 i Pušić na 25.
Suđenje Prliću i ostalima je počelo u aprilu 2006. godine, a saslušano je 206 svjedoka, 145 Tužilaštva i 61 odbrane. Radi se, kako se često naglašava, o najkompleksnijem suđenju u historiji Haškog tribunala.
